שלום רב.
התשובה לשאלתך נעוצה בדברי הדרכי משה (סי' קכט אות כד) בשם תשובת מהרי"ו (סי' עא) לגבי כתיבת המקום בגט, שאם מגרש תוך עיבורה של עיר, כותבין "העומד כאן" דתוך עיבורה של עיר כעיר. ומשמע שאם נמצא חוץ לעיבורה של עיר אף שהוא בתוך התחום אינו רשאי לכתוב שם העיר עצמה.
אשר על כן יש לכתוב את שם המקום עצמו דהיינו "אזור תעשיה שער בנימין". אולם מכיון שסו"ס שייך לתחום השיפוט של מועצה אזורית מטה בנימין, יש להזכיר גם זאת.
כמובן שבערים בהם האזור תעשיה ממוקם ממש בתוך שטחי העיר, דוגמת בית שמש או אשדוד וכיו"ב אין צורך לכתוב כי אם שם העיר בלבד. משא"כ בנידו"ד ש"מועצה אזורית מטה בנימין" כוללת בתוכה כמה עשרות יישובים נפרדים, יהיה זה לא נכון להשתמש בשם הזה בלבד בכתובה, כמו שלא ייתכן לכתוב "אזור הדרום" או "ארץ ישראל"...
בברכה.